Extracción de ADN de bacterias conservadas en el banco de cepas de la Universidad Francisco de Paula Santander sede Campos Elíseos

Extraction of DNA from bacteria preserved in the strain bank of the Universidad Francisco de Paula Santander head office Campos Elíseos

Contenido principal del artículo

Liliana Yanet Suárez Contreras
Luz Francy Yañez Meneses
Resumen

Actualmente, la identificación de bacterias se realiza con técnicas clásicas basadas en caracterización fenotípica a nivel
macroscópico y microscópico, sin embargo, este método no es fiable y no permite conocer la verdadera identidad del
microorganismo en estudio. Por esta razón es necesario realizar una identificación a nivel molecular que permita conocer con
seguridad el género y especie. El objetivo de este trabajo fue estandarizar el método de extracción de ADN para bacterias Gram
negativas y Gram positivas según la caracterización química, que permitió obtener ADN de buena calidad para la amplificación
de una región específica de interés. Se evaluaron dos métodos de extracción, el protocolo de Wilson y el Kit de extracción
Wizzard (Promega), los dos métodos se diferenciaron en la cuantificación por NanoDrop y se visualizaron por medio de una
electroforesis en gel de agarosa al 0,8% utilizando el intercalante Gel red. Según el protocolo de Wilson solo se obtuvo ADN de
bacterias Gram negativas de buena calidad, y la relación 260/280 en el nanodrop (1,8-2). Mientras que el Kit de extracción
Wizzard permitió obtener ADN para bacterias Gram positivas y negativas. Se obtuvieron mejores concentraciones de ADN con
el protocolo de Wilson, por otra parte no fue posible obtener ADN de bacterias Gram positivas siendo para este caso el kit
Wizzard un método sin limitaciones para extraer ADN de cualquier género de bacteria; a pesar de lo antes mencionado, por
costos es más conveniente el protocolo de Wilson, para extraer las bacterias Gram negativas.


Palabras Claves: Ácidos nucleicos,Bacillus thurigiensis,E. coli,Microorganismos

Descargas

Los datos de descargas todavía no están disponibles.

Detalles del artículo

Referencias

L. Suárez, “Extracción y purificación del ADN de Moniliophthora roreri hongo que ataca el cacao, en norte de santander”, Respuestas, vol. 10, no. 2, pp. 4-8, 2005.

A. Espitia, Identificación molecular mediante ITS de los fitopatógenos Fusarium sp., Alternaria sp., Rhizopus sp., Aspergillus sp., Curvularia sp., pertenecientes al banco de cepas de la Universidad Francisco De Paula Santander, Sede Campos Elíseos. Trabajo de grado. 2018.

L. Suárez y F. Peñaranda. Identificación molecular de los aislamientos de hongos biocontroladores conservados en el banco de cepas de la Facultad de Ciencias Agrarias y del Ambiente de la Universidad Francisco de Paula Santander. Proyecto FINU 042–2016. 2018.

L. Suárez, “Aislamiento e identificación de Moniliophthora roreri causante de la moniliasis en municipios del nororiente Colombiano”, Respuestas, vol. 11, no. 1, pp. 3-8, 2006.

L. Suárez y C. Cabrales, “Identificación de especies nativas de Trichoderma sp, y Bacillus. Evaluación de su potencial antagonista in vitro frente al hongo fitopatógeno nativo Moniliophthora roreri en el departamento de Norte de Santander”, Respuestas, vol. 13, no. 1, pp. 45–56, 2008.

G. Bou, A. Fernández, C. Garcia, J. Sáenz, y S. Valdezcate, Métodos de identificación bacteriana en el laboratorio de microbilogía. Enfermedades infecciosas y microbiología clínica, 601-608. 2011. doi:10.1016/j.eimc.2011.03.012

M. Godoy, L. Orozco, C. Hernández, O. DaMa-tac, J. De Waard, y S. González, "Identificación de micobacterias no tuberculosas: comparación de métodos bioquímicos y moleculares", Revista de la Sociedad Venezolana de Microbiología, pp. 96-104, 2008.

E. Rubio, Caracterización molecular y funcional de bacterias del género Azotobacter aisladas de suelos de la República Argentina. El rol de las auxinas en la respuesta a la inoculación de trigo. Buenos Aires: Tesis de Maestría. 2003

H. Yoshikawa, F. Dogruman-Al, F. Dogruman-Ai, S. Turk, S. Kustimur, N. Balaban, et al, "Evaluation of DNA extraction kits for molecular diagnosis of human Blastocystis subtypes from fecal samples", Parasitol Res, vol. 109, no. 4, pp. 1045-50, 2011.

D. Singka, L. Kumdhitiahutsawakul, P. Rekkriangkrai and W. Pathom-aree, "A simple method for DNA extraction from activated sludge", Chiang Mai J. Sci, vol. 39, pp. 111–118, 2012.

M.E. Gabor, E.J de Vries, D.B Janssen, "Efficient recovery of environmental DNA for expression cloning by indirect extraction methods", FEMS Microbiol. Ecol. vol. 44, pp. 153–163, 2003.

V. Ramachandran, P. Ismail, J. Stanslas and N. Shamsu-din, " Analysis of renin-angiotensin aldosterone system gene polymorphisms in Malaysian essential hypertensive and type 2 diabetic subjects. Cardiovasc" Diabetol, vol. 8, no. 11, pp. 2009.

K. Wilson, Preparation of genomic DNA from bacteria, in Current Protocols in Molecular Biology (Ausubel, F.M., Brent, R.,Kingston, R.E., Moore, D.D., Seidman, J.G., Smith, J.A., et al.), Wiley, New York, pp. 241.-245, 1987.

L. Alejo, M. Aragón y A. Cornejo, "Extracción y purificación de ADN. Herramientas moleculares aplicadas en ecología. 1-26 p. 2008

M. Coolen. 7000 years of Emiliania huxleyi viruses in the Black Sea. Science. 333:451-2. 2011

S. Yuan, D. Cohen, J. Ravel, Z. Abdo, and L. Forne, "Evaluation of methods for the extraction and purifi-cation of DNA from the human microbiome", PLoS ONE, 2012.

S. Claassen, E. du Toit, M. Kaba, C. Moodley, H. Zar, M. Nicol, "A comparison of the efficiency of five different commercial DNA extraction kits for extraction of DNA from faecal samples", J Microbiol Methods, vol. 94, no. 2, pp. 103-110, 2013.

S.J. McIlroy, K. Porter, R.J Seviour and D. Tillett, "Extraction nucleic acid from activated sludge which reflect community population diversity. A. Van Leeuw". Antonie van Leeuwenhoek, vol. 96, no. 4, pp. 593–605, 2009. http://dx.doi.or-g/10.1007/s10482-009-9374-z.

R.L Meyer, A.M Saunders, and L.L Blackall, "Putative glycogen-accumulating organisms belonging to the Alphaproteobacteria identified through rRNA-based stable isotope probing", Microbiology, vol. 152, no. 2, pp. 419–429, 2006

J. Ahn, S. Schroeder, M. Beer, S. McIlroy, R.C Bayly, J.W May, G. Vasiliadis, R.J Seviour, "Ecology of the microbial community removing phosphate from wastewater under continuously aerobic conditions in a sequencing batch reactor", Appl Environ Microbiol, vol. 73, no. 7, pp. 2257–2270, 2007.

Sistema OJS - Metabiblioteca |